本发明涉及微藻培养技术，具体涉及一种微藻封闭式兼养培养法及其培养系统，将培养基、无菌水和微藻藻种加入至补料器内，然后输送至光反应器中恒速流动培养7-10天，光照强度为40-100μmol m^-2s^-1，培养温度为25-37℃，流速为0.2-0.6m/s；光反应器中的藻液流至收获分离器中，收获分离器中的70％-90％的藻液作为新鲜藻液从藻液收集口处排出，剩余10％-30％的藻液作为微藻藻种通过回流泵，从藻种加料口中回流至补料器内，同时补充培养基及无菌水后继续恒速流动培养，不断循环重复上述培养步骤，实现微藻的封闭式连续培养。本发明的培养方法实现了微藻的连续化生产，提高了微藻的产率，降低了生产成本。